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サハロフはこの功績により、32歳の若さにして、ソ連科学アカデミーの正会員となる。そして、社会主義労働英雄の称号を3回も得、「ソ連水爆の父」と称されるようになる。しかし、核実験による放射能汚染、特に大気汚染を目撃し、核実験の中止をソ連共産党第一書記のフルシチョフに進言する。1963年の部分的核実験禁止条約締結に貢献する。
1960年代後半からは、民主化を求めて社会的発言を行うようになり、1968年「進歩、平和共存、知的自由に関する考察」を発表する。これが、西側で公刊されると、サハロフは軍事機密研究から外され、科学アカデミー物理学研究所に配置転換される。
やがて人権擁護活動に重きをおくようになり、1970年にはモスクワ人権委員会の創設者の一人に名を連ねる。この活動が評価され、1975年にはノーベル平和賞を受賞する。これに対し、ソ連国内では批判が巻き起こり、特に政府が批判キャンペーンを行った。
1980年、ソ連のアフガニスタン侵攻に抗議したことで、当局に逮捕され、一切の栄誉を剥奪され、ゴーリキー市に流刑される。時が経ち、1986年、ゴルバチョフによって流刑が解除され、モスクワに戻る。以後、ペレストロイカの進展を支持し、ソ連人民代議員大会の創設により、1989年科学アカデミーから人民代議員に選出される。アフガニスタン侵攻を批判するなど、良心と勇気に基づく発言は人々の尊敬を集め、「ペレストロイカの父」と称された。
1989年、読売新聞社主催の「第2回ノーベル賞受賞者日本フォーラム」に出席するため来日する。その2か月後の1989年12月14日、心臓麻痺のため急死した。没年満68歳であった。
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